O descumprimento das normas estabelecidas no novo decreto prevê punição com registro de boletim de ocorrências por infração às determinações do poder público destinadas a impedir a introdução ou propagação de doenças contagiosas, com pena que varia de um mês a um ano de detenção, além de multa. Essas penalidades poderão ser aumentadas se o infrator for agente público, médico, farmacêutico, dentista ou enfermeiro.
O infrator poderá também ser punido por desobedecer ordem legal de servidor público e por expor a vida ou a saúde de terceiros a perigo eminente. A pena para esses casos varia de 15 dias a um ano de detenção e, se tratando de estabelecimento comercial, interdição compulsória e multa.